Они имеют большой темновой ток (ток регистрирующийся при отсутствии падающего на детектор сигнала). Этот темный ток возникает от термической активации электрон-дырочных пар, или от света, падающего на детектор без покрытия. Поскольку детекторы в ПЭМ всегда имеют омический металлический контакт, то проблема со светом минимальна, потому что свет не может пройти сквозь металлическую пленку. Тепловая активация может быть сведена к минимуму путем охлаждения детектора до температуры жидкого азота. Однако, данный шаг нецелесообразен, охлаждение детектора до температуры жидкого азота приведет к осаждению на нем паров масла и загрязнению, поэтому данный вид детекторов не охлаждают и проблема с

из-за шумов, которые являются неотъемлемой частью полупроводникового детектора, его КЭД довольно низок при низкой интенсивности сигнала, и увеличивается почти до единицы при высокой интенсивности сигнала.

электронный пучок может повредить датчик, особенно в микроскопах с ускоряющим наряжением 300-400 кВ. В этих условиях, легированные p-n детекторы менее чувствительны, чем поверхностно-барьерные детекторы, потому что обедненный слой находится глубже в Si.

они не чувствительны к низкоэнергетическим электронам, таким как вторичные электроны.