система обладает очень высоким коэффициентом усиления. Коэффициент усиления для всей системы детектора порядка 10ⁿ, в зависимости от количества (n) электродов (часто называемых динодами) в ФЭУ. Для некоторых коммерческих сцинтилляторов типичные значения КЭД близки к 0.9.

уровень шума в сцинтилляторах мал по сравнению с полупроводниковыми детекторами, а пропускная способность сцинтиллятора находится в диапазоне МГц. В результате, изображения с низкой интенсивность легко могут быть отражены на экране.

сцинтиллятор не так надежен, как полупроводниковый детектор, являясь даже более чувствительным к радиационному воздействию, особенно после длительного воздействия электронного пучка.

комбинация сцинтиллятор-ФЭУ также существенно более дорога и громоздка по сравнению с полупроводниковыми детекторами и, следовательно, она не помещается в предметный столик ПЭМ. Достаточно проблематично изготавливать конфигурацию из нескольких детекторов. Тем не менее, полимерным сцинтилляторам может быть придана форма, дающая большой угол сбора.

Эффективность преобразования энергии у сцинтилляторов также довольно низкая (около 2% -20%) по сравнению с полупроводниковыми детекторами и, как правило, мы только получаем около 4000 фотонов на один исходный 100-кэВ электрон, что примерно в 7 раз меньше, чем для полупроводниковых детекторов. Такая низкая эффективность компенсируются усилением в ФЭУ.