Рисунок 8.5. Схема вакуумной системы ПЭМ. Механический насос может откачивать воздух из колонны непосредственно или откачивать диффузионный насос, который подключается непосредственно к основанию микроскопа. Ионные насосы часто располагаются непосредственно в области предметного столика или пушки. Клапана, отделяющие насосы друг от друга или различные части колонны ПЭМ находятся под управлением компьютера.